En 2006 Colo-Colo cambió de técnico, asumiendo en la banca Claudio Borghi, el «Bichi». Para el Torneo Clausura 2005 Colo-Colo otra vez no pasó de cuartos de final, siendo eliminado por Deportes La Serena en penales por 4-1, camiseta barcelona pero aun así el conjunto albo se clasificó al repechaje de a Copa Libertadores 2006. Fernández totalizó 7 goles en 18 partidos jugados.
