La década de los años 1980 fue un período de confusión para el Bayern, con muchos cambios de personal y el advenimiento de los problemas financieros. Para la década de los 80 descendió y por ende tuvo que jugar la Nationalliga B, siendo ascendido a la primera división suiza en el año 1994. En el año 2001 es inaugurado su nuevo estadio, el St. Ese diseño solo duró un año ya que fue sustituido por un escudo de fondo blanco y letras azules.
